ISS S/Coleta de Lixo

Boa tarde,

Trabalho em um empresa que faz coleta de lixo, o caso é o seguinte a empresa está localizada na cidade A onde possui aterro, só que ela realiza a coleta na estação de transbordo na cidade B ( o lixo é recolhido pela própria prefeitura e deixado em local próprio), sendo assim, estamos pagando ISS retido sobre o transporte de lixo para a cidade B e a destinação final para a cidade A, está correto este procedimento?

E nos caso que a nota fiscal foi emitida de forma errada, com a situação tributária normal, onde o correto seria retenção, existe alguma forma de alterar estas notas fiscais, ou procedimento para deixar correto, visto que a prefeitura B fez a retenção e pagou o líquido e a prefeitura A (onde está localizada nossa empresa) também cobrou o ISS sobre o valor total da nota, como posso fazer para consertar este erro, já que é de outros meses anteriores.

Obrigado.

Atte.
Cleverson

Ficaria muito mais fácil se você pudesse me passar como discrimina na nota fiscal e qual o código coloca.